はい、一つのレンタルサーバー契約で複数のサイトを運営されている場合でも、売却対象の1サイトのみを買主へ移管することで売却することが可能です。
サイトの基本的な移行方法については、以下記事をご参照ください。
WordPress引越し：サイトの移行方法・基本の手順
なお、サイト移行代行サービスのご利用には、利用条件を満たしている必要があります。
リアルタイム譲渡を行いたい場合
ラッコドメイン＋ラッコサーバーで複数のサイトを運営されていて、一つのサイトをリアルタイム譲渡で売却するには、対象のサイトのみ新しいサーバー契約に移す必要があります。詳細は下記をご参照ください。
かんたんWordPress移行（ラッコサーバー契約間で移行する） | ラッコサーバー
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